A FECOMERCIO/AP foi criada em 14 de fevereiro de 1991, congregando a época sete sindicatos patronais, que foram os fundadores da entidade. A partir de 1999, outros sindicatos passaram a compor a base da federação, chegando hoje ao número de 12 sindicatos filiados. Criada para congregar os legítimos representantes do setor terciário no Estado, hoje a FECOMERCIO/AP reúne em sua base os seguintes sindicatos: Sindicato de Hotéis, Restaurantes, Bares e Similares do Estado do Amapá – SINDBAR, Sindicato do Comércio Varejista de Produtos Farmacêuticos do Estado do Amapá - SINDFARMA, Sindicato do Comércio Lojista do Estado do Amapá – SINDLOJA, Sindicato do Comércio Varejista de Gêneros Alimentícios do Estado do Amapá - SINDGENEROS, Sindicato do Comércio Varejista de Materiais de Construção, Elétrico e Hidráulico do Estado do Amapá – SINDMAT, Sindicato do Comércio Varejista de Móveis e Eletrodomésticos do Estado do Amapá – SINDMÓVEIS, Sindicato do Comércio Varejista de Produtos Hortifrutigranjeiros do Estado do Amapá – SINDHORT, Sindicato do Comércio Varejista de Material de Escritório e Papelaria do Estado do Amapá – SINCOMEP, Sindicato do Comércio Atacadista de Gêneros Alimentícios do Estado do Amapá – SCAGAP; Sindicato do Comércio Varejista de Calçados do Estado do Amapá – SINCAL, Sindicato das Empresas de Locação de Fitas Gravadas em Vídeo Cassete do Estado do Amapá – SINDVÍDEO e Sindicato dos Representantes Comerciais do Estado do Amapá – SINDRAP.